入孵企業的畢業和清退
孵化器運營團隊在企業入孵之后會提供種類和層次不一的各種服務，這些服務的效果最終將反映在在孵企業的發展表現上。在孵企業在企業生命周期中處于最弱小同時又是最富有變化性的時期，所以對在孵企業必須實行必要的監測手段。監測手段的應用將涉及兩個方面，一方面是對在孵企業，要求企業提供用于監測的資料，包括一些重要的會計數據和有關事項的說明；另一方面，孵化器運營團隊做好記錄，這些記錄是進行經濟核算的重要依據，也是用于對在孵企業監測評估的資料。 通過價值評估，可以了解入孵企業在發展過程中可能發生的各種偏離，以使入孵企業步入健康發展的軌道：對在孵企業的評價也是決定其是否需要畢業的重要條件：
對在孵企業的畢業一般考慮這樣幾個方面：孵化時間、成果轉化、相當穩定的市場、管理完善、資金充裕等。
孵化器在孵企業的條件：?至少符合以下條件中的一項：?經國家備案通過的高新技術企業；?累計獲得天使投資或風險投資超過500萬元；?連續2年營業收入累計超過1000萬元；?被兼并、?收購或在國內外資本市場掛牌、?上市。
對畢業企業的持續關注
在孵企業畢業之后，孵化任務并沒有完全結束，孵化器運營團隊還對他們進行跟蹤管理服務。對畢業企業的跟蹤管理，一方面是為了使企業更好更快地成長，通過跟蹤管理為其進一步提供成長所需要的服務，如依靠孵化器的網絡繼續幫助提供咨詢和尋找合作伙伴；另一方面孵化器運營的成功與否以其所孵化的企業為標志，畢業的企業也是孵化器的一個品牌；對畢業企業的跟蹤管理服務還是孵化器完善自身測評系統、完善整體服務的一個有機組成部分。
對于通過孵化沒有達到預期的項目或企業孵化器運營團隊會對其提出警示，在警示期后仍達不到孵化成果要求的，將會面臨清退。
